ويزعم الجيش الإسرائيلي والشاباك أن حماس استخدمت المستشفى كمقر عسكري.
بحسب الجيش الإسرائيلي والشاباك، قامت حماس بتخزين معدات قتالية داخل مجمع المستشفى، وأجرت عمليات استجواب وتعذيب هناك من خلال عملاء الأمن الداخلي والمخابرات، وأدارت غرف القيادة والسيطرة، واستخدمت المرافق كنقاط مراقبة وملاجئ لعناصر المرور. وقال الاثنان إنهما يفكران جديا في هذا الاستخدام للبنية التحتية المدنية والطبية، لأنه يعرض المرضى والطواقم الطبية والمواطنين للخطر.