צה"ל והשב"כ טוענים שחמאס השתמש בבית חולים כמפקדה צבאית
לטענת צה"ל והשב"כ, חמאס אחסן ציוד לחימה בתוך מתחם בית החולים, ניהל בו פעולות חקירה ועינויים באמצעות גורמי ביטחון הפנים והמודיעין שלו, הפעיל חדרי פיקוד ובקרה והשתמש במתקנים כנקודות תצפית ומקלטים לגורמי תנועה. השניים אמרו כי הם רואים בחומרה שימוש זה בתשתיות אזרחיות ורפואיות, שכן הוא מסכן חולים, צוות רפואי ואזרחים.