Le deuxième étage de l'hôpital Nasser est utilisé comme quartier général terroriste du Hamas. Les citoyens sont interdits. Il est utilisé par les commandants du Hamas, notamment Muhammad Abu Ismail, le commandant de la brigade Khan Yunis qui a été la cible d'une attaque plus tôt dans la journée.
Des dizaines d'otages ont été retenus captifs à l'hôpital Nasser, et Muhammad Abu Ismail était responsable de la détention d'un grand nombre d'entre eux, notamment : Nimrod Cohen, Matan Zangaukar, Idan Alexander, Avra Mengistu, le général de division Assaf Hammi, le premier sergent Oz Daniel et le capitaine Omar Nutra.
L'attaque précise visait spécifiquement la pièce à partir de laquelle le commandant de la brigade et les autres terroristes menaient des activités terroristes. L’armée israélienne a prévenu à plusieurs reprises que les activités terroristes à l’hôpital devaient cesser. Le Hamas a refusé.