הקומה השנייה של בית החולים נאצר משמשת כמפקדת טרור של חמאס. אזרחים אסורים. הוא משמש את מפקדי חמאס, בהם מוחמד אבו איסמעיל, מפקד חטיבת חאן יונס שהיה מטרה בתקיפה מוקדם יותר היום.
עשרות בני ערובה הוחזקו בשבי בבית החולים נאצר, ומוחמד אבו איסמעיל היה אחראי על החזקת רבים מהם, בהם: נמרוד כהן, מתן זנגאוקר, עידן אלכסנדר, אברה מנגיסטו, אלוף משנה אסף חממי, סמל ראשון עוז דניאל וסרן עומר נוטרה.
התקיפה המדויקת כוונה במיוחד לחדר שממנו ניהלו מפקד החטיבה ושאר המחבלים פעילות טרור. צה"ל הזהיר בעבר, במספר הזדמנויות, כי יש להפסיק את פעילות הטרור בבית החולים. חמאס סירב.