الطابق الثاني من مستشفى ناصر يستخدم كمقر إرهابي لحماس. ممنوع على المواطنين. ويستخدمه قادة حماس، بما في ذلك محمد أبو إسماعيل، قائد لواء خان يونس الذي كان هدفا لهجوم في وقت سابق اليوم.
وتم احتجاز عشرات الرهائن في مستشفى ناصر، وكان محمد أبو إسماعيل مسؤولاً عن احتجاز العديد منهم، ومن بينهم: نمرود كوهين، ماتان زانغاوكار، عيدان ألكسندر، أفرا منغيستو، اللواء عساف همي، الرقيب أول أوز دانيال والنقيب عمر نوترا.
لقد استهدف الهجوم بالتحديد الغرفة التي كان قائد اللواء والمخربين الآخرين ينفذون فيها العمليات الإرهابية. وقد حذر الجيش الإسرائيلي في الماضي، في عدة مناسبات، من ضرورة وقف النشاط في المستشفى. رفضت حماس.