Quelques semaines après les attentats du 11 septembre 2001, Mazar-e-Sharif est devenue l'une des cibles militaires américaines les plus importantes en Afghanistan. Le général Tommy Franks, commandant de l'opération américaine, a qualifié la ville de « pont terrestre » pour le transport de troupes, de matériel et d'aide humanitaire en raison de sa proximité avec la frontière ouzbèke.
Après que les États-Unis ont lancé des attaques contre les positions des talibans le 7 octobre, les forces de l’Alliance du Nord, appuyées par l’appui aérien et les forces spéciales américaines, ont commencé à avancer vers Mazar-e-Sharif. Le 9 novembre 2001, les lignes de défense des talibans s'effondrent et les forces d'Abdul Rashid Dostum et d'Atta Muhammad Noor prennent le contrôle de la ville.
Malgré la résistance continue de centaines de combattants talibans et de forces étrangères dans des endroits comme l’école Sultan Razia, les frappes aériennes américaines et les opérations terrestres de la Coalition du Nord ont finalement écrasé leur résistance.
La libération de Mazar-e-Sharif des mains des talibans, outre son importance militaire et logistique, a été un coup politique porté aux talibans et a ouvert la voie aux forces d’opposition pour avancer vers Kaboul. Un jour après la chute de la ville, la musique a résonné dans l'espace public, les femmes sont revenues dans la rue et les habitants de la ville ont ressenti les signes d'un retour à une vie normale.