Après l'invasion américaine de l'Afghanistan en 2001 et la chute du régime du mollah Omar, une vague de soutien politique et religieux en faveur du groupe a éclaté au Pakistan. Bien qu'Islamabad ait rejoint la coalition antiterroriste, plusieurs partis religieux, chefs religieux et groupes armés se sont rassemblés pour soutenir les talibans et envoyer des combattants en Afghanistan en condamnant l'invasion américaine.
Pendant ce temps, Malana Sufi Muhammad a mobilisé des milliers de personnes à Malakand pour combattre aux côtés des talibans en lançant une campagne appelée « Jihad Afghanistan ». Dans le même temps, les zones tribales du Pakistan sont devenues des refuges pour les talibans, les membres d'Al-Qaïda et les combattants étrangers.
Selon les experts, des écoles religieuses, des organisations religieuses et des réseaux militants locaux ont été impliqués dans le recrutement et la réorganisation des talibans. Des personnalités comme Baitullah Mehsud, Nik Muhammad Wazir et Hafiz Gul Bahadur ont également joué un rôle déterminant dans le processus. Le journaliste Rafatullah Orkazai a écrit dans un article paru dans Afghanistan International que ces réseaux ont ensuite contribué à renforcer les talibans afghans et à établir les talibans pakistanais. En conséquence, les zones tribales du Pakistan sont devenues des centres importants de l'organisation et de la planification militaires des Taliban.