לאחר הפלישה האמריקנית לאפגניסטן ב-2001 ונפילת משטרו של מולה עומר, התעורר בפקיסטן גל של תמיכה פוליטית ודתית בקבוצה. למרות הצטרפותה של איסלמבאד לקואליציה ללוחמה בטרור, מספר מפלגות דתיות, מנהיגים דתיים וקבוצות חמושות התגייסו לתמוך בטליבאן ולשלוח לוחמים לאפגניסטן על ידי גינוי הפלישה האמריקנית.
בינתיים, מלאנה סופי מוחמד גייסה אלפי אנשים במלאקנד להילחם לצד הטליבאן על ידי השקת קמפיין בשם "ג'יהאד אפגניסטן". במקביל, אזורי השבטים של פקיסטן הפכו למקלטים לטליבאן, לאנשי אל-קאעידה וללוחמים זרים.
לדברי מומחים, בתי ספר דתיים, ארגונים דתיים ורשתות חמושים מקומיות היו מעורבים בגיוס וארגון מחדש של הטליבאן. דמויות כמו בייטוללה מחסוד, ניק מוחמד וואזיר וחאפיז גול בהדור היו גם הם בעלי השפעה בתהליך. העיתונאי רפאטוללה אורקזאי כתב במאמר ב-אפגניסטן הבינלאומי כי רשתות אלו סייעו מאוחר יותר לחזק את הטליבאן האפגני ולהקים את הטליבאן הפקיסטני. כתוצאה מכך הפכו אזורי השבטים של פקיסטן למרכזים חשובים של הארגון והתכנון הצבאי של הטליבאן.