پس از حمله آمریکا به افغانستان در سال 2001 و سقوط رژیم ملا عمر، موجی از حمایت سیاسی و مذهبی از این گروه در پاکستان به وجود آمد. علیرغم پیوستن اسلام آباد به ائتلاف ضد تروریسم، چندین حزب مذهبی، رهبران مذهبی و گروه های مسلح برای حمایت از طالبان و اعزام جنگجویان به افغانستان با محکوم کردن تهاجم ایالات متحده تظاهرات کردند.
در همین حال ملانا صوفی محمد با راه اندازی کمپینی به نام «جهاد افغانستان» هزاران نفر را در ملاکند بسیج کرد تا در کنار طالبان بجنگند. در عین حال، مناطق قبایلی پاکستان به پناهگاهی برای طالبان، عوامل القاعده و جنگجویان خارجی تبدیل شده است.
به گفته کارشناسان، مدارس دینی، سازمان های مذهبی و شبکه های شبه نظامی محلی در استخدام و سازماندهی مجدد طالبان مشارکت داشتند. چهره هایی مانند بیت الله محسود، نیک محمد وزیر و حافظ گل بهادر نیز در این روند تأثیرگذار بودند. رفعت الله اورکزایی روزنامه نگار در مقاله ای در افغانستان اینترنشنال نوشت که این شبکه ها بعدها به تقویت طالبان افغانستان و تأسیس طالبان پاکستانی کمک کردند. در نتیجه مناطق قبایلی پاکستان به مراکز مهم سازماندهی و برنامه ریزی نظامی طالبان تبدیل شد.