وبعد الغزو الأمريكي لأفغانستان عام 2001 وسقوط نظام الملا عمر، نشأت موجة من الدعم السياسي والديني للجماعة في باكستان. وعلى الرغم من انضمام إسلام آباد إلى التحالف المناهض للإرهاب، إلا أن العديد من الأحزاب الدينية والزعماء الدينيين والجماعات المسلحة احتشدت لدعم طالبان وإرسال مقاتلين إلى أفغانستان من خلال إدانة الغزو الأمريكي.
في هذه الأثناء، حشدت مالانا صوفي محمد آلاف الأشخاص في مالاكند للقتال إلى جانب حركة طالبان من خلال إطلاق حملة أطلق عليها اسم "جهاد أفغانستان". وفي الوقت نفسه، أصبحت المناطق القبلية الباكستانية ملاذات آمنة لحركة طالبان وعناصر تنظيم القاعدة والمقاتلين الأجانب.
ووفقا للخبراء، شاركت المدارس الدينية والمنظمات الدينية وشبكات المسلحين المحلية في تجنيد وإعادة تنظيم حركة طالبان. شخصيات مثل بيت الله محسود، نيك محمد وزير، وحافظ جول بهادور كانوا مؤثرين أيضًا في هذه العملية. وكتب الصحفي رأفت الله أوركزاي في مقال في صحيفة أفغانستان إنترناشيونال أن هذه الشبكات ساعدت فيما بعد في تقوية حركة طالبان الأفغانية وتأسيس حركة طالبان الباكستانية. ونتيجة لذلك، أصبحت المناطق القبلية في باكستان مراكز مهمة للتنظيم والتخطيط العسكري لطالبان.