دلیل استعفای پاکنژاد سخنان رئیس کمیسیون انرژی مجلس، سپهوند نماینده مجلس است: استعفای آقای پاکنژاد به موضوع معتمدین نبود، بلکه به عدم همکاری دولت با ایشان در مدیریت وزارت نفت و اختلافی که بین ایشان و هلدینگ خلیج فارس به وجود آمد، برمی گردد. وی پیش از این در این زمینه استعفا داده بود اما رئیس جمهور استعفای او را نپذیرفت. این استعفا برای دومین بار مطرح شد.