נתניהו ורמטכ"ל צה"ל זמיר הסתכסכו על רקע מבצע שעלול להוביל להתנגשות עם איראן בצה"ל חוששים שנתניהו עלול לנצל את המתיחות עם איראן למען רווח פוליטי לקראת הבחירות, וחישוב מוטעה עלול להוביל להסלמה מסוכנת. זמיר סירב לפעול ללא הערכה ביטחונית מלאה, בירור משפטי ואישור בכתב מההנהגה המדינית.