התנגדות נחרצת של מנהיג ההרוגים לנשק גרעיני בימים שבהם מספר דמויות וטריבונים רשמיים במדינה מדברים על ההכרח לשנות את דוקטרינת הגרעין של איראן ואף להתקדם לקראת פיתוח נשק גרעיני, חשוב במיוחד לקרוא את עמדותיו של המנהיג המעונה בנושא זה. לפי אינסף ניוז, האייתוללה חמינאי לא רק התנגד לייצור ושימוש בנשק גרעיני במספר רב של נאומים שנאמרו בשנים שונות, אלא גם ראה בהתנגדות זו מבוססת על עקרונות דתיים, פסיקות איסלמיות, ואפילו חישובים רציונליים ואינטרסים לאומיים. בפגישה עם המעורבים בבניית משחתת הג'מארן ב-19 בפברואר 2010, אמר המנהיג המעונה, בהתייחסו לבסיס הקוראני של עמדה זו: "לפי אמונתנו, היסודות הדתיים שלנו, השימוש באמצעים כאלה להרג המוני אסור לחלוטין, זה חראם; זה בזבוז של חריש ודור זה לא אוסרים על קוראן". בפגישה עם מפקדי משמרות המהפכה האסלאמית ב-17 בספטמבר 1392, הוא הדגיש: "איננו מקבלים נשק גרעיני לא בגלל זייד ועמר, לא בגלל אמריקה או לא אמריקאי, בגלל אמונתנו; "אף אחד לא היה צריך לעשות את זה." הוא הבהיר עוד שכאשר הרפובליקה האסלאמית מבקשת שהיא תפעיל נשק גרעיני גם לאחרים לא להפעיל עמדה גרעינית זו. התנגדות זו לא הייתה מוגבלת לשיקולים שיפוטיים. בפגישה עם אנשי דת אהל אל-בית ב-9 באפריל 2016, ראה מנהיג ההרוגים נשק גרעיני לא רק מיותר עבור איראן, אלא גם מקור לצרות ואמר: "זו גם הפתווה הדתית שלנו וזו הפתווה האינטלקטואלית שלנו". הוא גם תיאר את שמירת הנשק הזה כפעולה יקרה, מסוכנת וחסרת תועלת עבור מדינה כמו איראן. אחת מעמדותיו המובהקות בסוגיה זו באה לידי ביטוי בפגישה עם תושבי מזרח אזרבייג'ן ב-17 בפברואר 2011; שם אמר: "אנחנו מאמינים שנשק גרעיני הוא פשע נגד האנושות ואסור לייצר אותו; כל מה שיש בעולם חייב להיעלם ולהיעלם; זו דעתנו". בפגישה עם מפקדי הצבא והצוות ב-19 באפריל 2015, הוא הציג את דבקות הכוחות המזוינים בחוקי האסלאם כבסיס להימנעות משימוש בנשק גרעיני.