בכתביו ובנאומיו הגן מוג'טהדזדה שוב ושוב על שמו ההיסטורי של המפרץ הפרסי ועל עמדתה של איראן בעניין הריבונות על שלושת האיים; איים שגם איחוד האמירויות הערביות טוענות לבעלות עליהם.
בין יצירותיו הידועות ניתן למנות את "גיאוגרפיה פוליטית של מיצר הורמוז", "איי תאנב ואבו מוסא" ו"גיאוגרפיה היסטורית של המפרץ הפרסי; המפרץ הפרסי הוא שם עתיק יותר מההיסטוריה.
הוא גם פרסם את הספר "שחקנים קטנים של המשחק הגדול" באנגלית ב-2004; מחקר על התחרות בין בריטניה ורוסיה במאה ה-19 והשפעתן על היווצרות הגבולות המזרחיים של איראן והולדת אפגניסטן.
בנוסף לפעילותו האקדמית, נהג מוג'טהדזדה להתייחס לנושאים גיאופוליטיים, יחסי איראן עם מדינות שכנות וסכסוכי גבולות בתקשורת ובפגישות בינלאומיות.