מחלוקת חריפה בין ההנהגה המדינית לצה"ל על מבצע חברון המשך המבצע הצבאי של צה"ל בעיר חברון, שבוצע על ידי כוחות "אוגדה 98", גרם למחלוקת חריפה בין ההנהגה המדינית בראשות ראש ממשלת ישראל, בנימין נתניהו, לבין שר צבאו, ישראל כץ, מחד גיסא, והנהגת ''רמטכ'', בראשות צה"ל, מאידך. של הבחירות לכנסת. לפי העיתון "ידיעות אחרונות", הרמטכ"ל של צה"ל דרש להפסיק את המבצע בשל הירידה בתוצאות השטח שלו ואתגריו המשפטיים המיוצגים בגירוש האוכלוסייה הפלסטינית, אך "נתניהו" ו"כץ" דחו את התפקיד והורו על המשך הפעילות הצבאית. ההנהגה הפוליטית של ישראל מצדיקה את התעקשותה להאריך את המבצעים ברצון להטיל הרתעה בתוך העיר ולהשלים את החיפושים אחר אמצעי לחימה ותחמושת, בהתחשב בכך שכניסה לעיר כמו חברון מותירה אפקט קוגניטיבי והרתעתי השונה מהסתערות על מחנות פליטים כמו ג'נין, טול כרם ונאור. מנגד, בהנהגת צה"ל סבורים כי המבצע קיבל את היקפו בשטח לאחר מעצר של מספר מצומצם של אנשים ותפיסת כמויות נשק לא משמעותיות, תוך התרעה על ההשלכות המשפטיות והביטחוניות של הרחקת משפחות מבתיהם מבלי להגיע לתוצאות מבצעיות מוחשיות. סתירה זו מעלה בראש תרחישים קודמים שנצפו במחנה קלנדיה באוגוסט האחרון, כאשר מתח דומה פרץ בין הדרג המדיני להנהגה הצבאית על היתכנות הרחבת המבצעים ללא נוכחות מידע מודיעיני מכריע. לאור החששות הגוברים של מערכת הביטחון של ישראל ושל פיקוד המרכז מפני התפרצות פיגועים בודדים מדומה בהוראת רשתות המדיה החברתית, צה"ל מדגיש את הצורך באימוץ פעולות ממוקדות ומדויקות להפחתת המתח בשטח, מה שמעיד על כך שהמשך פעולת חברון במתכונתו הנוכחית מעלה שאלות קשות לגבי היתכנות הקרקעית והאיזון הפוליטי בפועל.