מבנה המעבדה סובל מהצטברות של כמויות גדולות של כימיקלים על הגג במשך שנים מבלי לפגוע בהם או לשנע אותם בהתאם לעקרונות טכניים ותקנים סביבתיים. למרות שקיימים דיווחים ואינדיקציות ברורות של המשרד לאיכות הסביבה שמעריכים את עלות פינוי החומרים הללו וטיפולם בשיטות מיוחדות בכ-75 מיליון דינר עיראקי, עדיין רשלנות שולטת בנושא, ומכפילה את הסיכונים היומיומיים אליהם חשופים תלמידים, מורים ועובדים. הוא עוקב.