היחידות המשפטיות של הגופים המבצעים אחראיות ישירות על הקמת חוזים והגנה על תביעות ממשלתיות
אמין חוסיין רחימי, שר המשפטים, בישיבת מועצת התיאום לענייני משפט של הגופים המבצעים:
Usually, אם ננקטת פעולה בגוף המבצע והפקיד או הפקיד העליון נחשב אחראי, גם היחידה המשפטית והסגן המשפטי נכללים אוטומטית בין האחראים; כי מוטלת עליהם החובה לפקח על הפעולות המשפטיות של הגוף הביצועי שלהם.
החוזים המשפטיים והכספיים של המוסדות חייבים באישור היחידה המשפטית הרלוונטית, ניתן לערוך חוזה במחלקת הפיתוח או בחלק אחר בארגון ולחתום על ידי בעל תפקיד אחר, אולם היחידה המשפטית מחויבת לפקח עליו ולחוות דעתה.
במידה ועולה טענה על הונאת האוצר, אחד האנשים שחייבים לתת דין וחשבון ובמקרים מסוימים ניתן נגדו פסק דין של ההרשעה הוא האחראי על המחלקה המשפטית של המוסד. הגורם הממונה על הארגון, מהשר ועד ראש הארגון, אינו רשאי להפנות את הנושא ליחידה המשפטית בשל עומס העבודה, אולם היחידה שעומדת להכין את החוזה מחויבת לקבל את חוות דעת היחידה המשפטית, ועל היחידה המשפטית להדגיש על כך.
על פי חוקים ותקנות שונים, לרבות חוק תכנית הפיתוח השביעית, תביעות של גופים מבצעים זה נגד זה לא ניתנות להגשה ישירות לרשויות השיפוט ויש להגיש תחילה ללשכה המשפטית הנשיאותית.