مهاجرنی پس از خواندن پایان نامه جلیلی: چیزی جز سوء تفاهم نبود.
سید عطاءالله مهاجرنی، وزیر سابق فرهنگ و ارشاد اسلامی با انتشار بیانیه ای انتقادی، پایان نامه سعید جلیلی را مورد تردید قرار داد.
به گفته وی: او زمان زیادی را صرف مطالعه این رساله کرد، اما در نهایت به این نتیجه رسید که «به عنوان رساله سوء تفاهم نوشته، کارگردانی و تأیید شده است».
به گفته مهاجرانی، عنوان رساله جلیلی «بنیاد اندیشه سیاسی در اسلام» است که در سال 1380 در دانشگاه امام صادق(ع) به تصویب رسید و استاد احمد علم‌هادی، امام جمعه مشهد بود.
مهاجرنی همچنین به تعریف علم الهادی از این تصنیف اشاره کرد که جلیلی برای نگارش قرآن را بارها ختم کرد.
وی معتقد است: مضمون رساله همان دیدگاه هایی است که جلیلی سال هاست در سخنرانی های خود تکرار می کند.